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白洋研究组发表“微生物组数据分析方法”的重要综述

  近年来高通量测序技术的发展促进了一系列适合微生物组研究的技术发展,同时也积累了海量数据。然而,微生物组数据分析过程复杂、分析工具种类繁多,这限制了广大研究者进入该领域。

 

  中国科学院遗传与发育生物学研究所白洋研究组受Protein & Cell (IF: 14.87)编辑部邀请,撰写微生物组数据分析方法综述。该综述概述了微生物组常用测序技术——扩增子和宏基因组等方法的优缺点,推荐了常用软件、分析流程和数据库,以便研究者选择适合的分析工具和方法。此外还介绍了微生物组下游分析的统计和可视化方法,包括多样性、物种组成、差异比对、相关、网络、机器学习、进化、来源追溯等方法(图)。最后介绍了可重复分析推荐方案,希望本文有助于同行研究人员选择合适的分析工具,高效地数据分析方法,进而有效地挖掘数据背后的生物学意义。

 

图:微生物组数据分析的常用可视化方案

 

    该项研究成果于2021年5月正式发表于Protein & Cell杂志(DOI:10.1007/s13238-020-00724-8)。遗传发育所刘永鑫高级工程师、博士研究生秦媛和中国中医科学院陈同助理研究员为该论文的共同第一作者,刘永鑫高级工程师和白洋研究员为该论文的共同通讯作者,浙江大学医学院卢美萍教授、钱旭波博士,白洋组郭晓璇博士后参与了此项目。相关工作得到中国科学院战略性先导科技专项、前沿科学重点研究项目、国家自然科学基金面上项目的支持。