遗传发育所1959年成立于北京，前身是由中国科学院植物研究所遗传研究室与动物研究所遗传组合并组建的中国科学院遗传研究所。2001年，遗传研究所与中国科学院发育生物学研究所（1980年建立）整合成立遗传与发育生物学研究所（即遗传发育所）；2002年整合中国科学院石家庄农业现代化研究所（1978年建立），并成立了具有法人资格的农业资源研究中心；2003年研究所人类基因组研究中心（包括华大基因）成建制分离成立中国科学院北京基因组研究所。遗传发育所历任所长李家洋（2001-2004）、薛勇彪（2004-2014）、杨维才（2014-2023）。2024年至今，傅向东任副所长（主持工作）。
遗传发育所内设科研单元包括种子创新全国重点实验室、育种前沿技术实验室、整合生理调控实验室、农业资源研究中心和零一创新中心，拥有公共技术服务中心、动物实验中心、现代化植物温室等平台设施，昌平生物技术育种基地、海南南繁育种试验基地、东营分子设计育种试验基地等试验基地，栾城农业生态系统试验站、南皮生态农业试验站、太行山山地生态试验站等网络台站，以及河北省节水农业重点实验室和河北省土壤生态学重点实验室。研究所联合中国科学院分子植物科学卓越创新中心与英国约翰英纳斯中心（JIC）、赛恩斯伯里实验室（TSL）共同成立了CAS-JIC-TSL植物和微生物科学联合研究中心，已发展成为中英科技合作的典型范例。
研究所的战略定位和发展目标是，面向我国农业和人口健康重大战略需求，在智慧育种理论与技术体系、生态健康农业、代谢稳态与干预三大方向开展攻关，在碳氮水高效利用与精准调控、功能膜脂精准测定与调控、跨尺度颠覆性技术开发、“机器人育种家”设计与应用四个新兴前沿方向和未来技术重点布局开展研究，突破遗传与发育生物学领域重要前沿理论和关键技术，“出重大成果、出优秀人才”，在国家现代农业和人口健康科技创新体系中发挥骨干和引领作用，成为遗传与发育生物学原始创新研究基地、高新技术研发基地、国家创新人才高地、优秀人才培养基地，实现对国际著名机构的赶超，进入国际领先的一流科研机构行列。
上世纪六十年代至九十年代，研究所在高粱雄性不育及杂种优势应用，棉属种间杂交育种、大豆高效育种、小麦花药培养与单倍体育种、原生质体再生等作物育种理论与技术体系创新，动物胚胎移植、胚胎核移植、人类遗传病产前诊断、中国人类群体遗传学，以及农业生态节水、盐碱地资源利用和中低产田产能提升等领域做出了开创性的贡献。2001年遗传发育所成立并进入中国科学院知识创新工程以来，先后出色完成了二期、三期、创新2020和“率先行动计划”第一阶段的创新发展目标。在完成国际人类基因组计划1%测序、中国水稻基因组框架图和精细图、重要农作物（小麦、水稻、大豆、番茄等）基因组精细图谱构建，理想株型、氮高效、植物免疫、生殖发育、表观调控等复杂性状调控机制解析，植物染色体工程、分子设计育种、作物快速人工驯化和基因组编辑等前沿技术创新，农田水碳氮循环及环境效应、咸水资源利用和盐碱地增粮技术体系创立，“渤海粮仓科技示范工程”，干细胞与组织器官再生临床修复技术等方面做出了重要创新贡献。
2001年以来，研究所在Cell、Nature、Science三大主刊发表通讯作者论文40余篇，共计20项成果入选“中国科学十大进展”“中国十大科技进展新闻”“中国生命科学十大进展”。“基因组研究”、“分子育种研究”、“渤海粮仓科技示范工程”、“干细胞”等四项成果入选中国科学院改革开放四十年40项标志性重大成果。李振声院士因在小麦远缘杂交育种的开创性贡献获2006年国家最高科学技术奖并于2024年被授予“共和国勋章”，李家洋院士领衔的“水稻高产优质性状形成的分子机理及品种设计”获2017年度国家自然科学奖一等奖，并于2024年获何梁何利科学与技术成就奖。另有6项成果获得国家自然科学奖二等奖、3项获得科技进步奖二等奖、3项获得中国科学院杰出成就奖、2位科学家入选未来科学大奖生命科学奖。
遗传发育所共有创新研究组90余个，职工550余人，其中中国科学院院士5人，国家杰出青年科学基金获得者43人。拥有一级学科“生物学”、“生态学”、“农业资源与环境”、“作物学”博士学位和“生物与医药”、“农业”专业学位硕士授权点，设有“生物学”、“生态学”和“农业资源与环境”一级学科博士后流动站。
遗传发育所管理及支撑系统共12个部门，其中管理部门8个，分别是综合管理部、党群工作部（纪监审办公室）、科研发展部、人力资源部、财务管理部、条件保障部、研究生部（科教融合办公室）、商务法务部。支撑部门4个，分别是公共技术服务中心、研究资源部、学会出版部、工程办公室。遗传发育所是中国遗传学会和河北省农业系统工程学会的挂靠单位，主办英文学术期刊《Journal of Genetics and Genomics》和中文学术期刊《遗传》、《中国生态农业学报》。
（2025年4月更新）
